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公司章程可否就股东退出的方式进行规定？如果存在相关规定，股东会依照章程通过决议能否取消某股东的股东资格？我们通过以下案例来具体分析：

【案情介绍】

李某为上海农药有限责任公司（以下简称农药公司）的股东，持有农业公司9%比例的股权，并担任农药公司的副经理职务。2008年6月30日，李某与公司其他五位股东共同制定了公司章程并在其上签字。章程中约定：“当股东兼公司高级管理人员不能胜任工作而调离岗位或因个人原因离岗时，应转让其全部出资，并办理退股事宜”

2009年7月，农药公司召开股东会会议，李某未能出席。该会议作出了“因李某不能胜任工作岗位，故决定免除其副经理职务”的决议，并决定涉及持股方面的事宜依照公司有关规章制度执行。会议结束后，农药公司出具了表明付款用途为退股款、金额为16万元人民币的付款凭单，李某随后在收款人处签字并领取了款项。后李某被安排至另一公司工作。

2009年12月，农药公司召开新一届股东会会议，通过了关于股权变更情况的公司章程修正案，将李某的股东身份予以取消，并修改了股东名册。但是李某迟迟拒绝配合农药公司前往工商行政管理机关办理股权变更登记手续。后双方协商不成，农药公司遂起诉至法院，要求法院判令李某配合其办理股权变更登记手续。

庭审中李某认为，因原告并未通知其参加股东会会议，故其对相关情况并不清楚。同时，股东资格应当以工商登记为准，公司章程并不具备剥夺股东身份的效力，因此拒绝协助农药公司办理股权转让的工商变更登记手续。

【法院观点】

法院审理认为：

李某作为农药公司的股东，共同参与制定了农药公司的章程并署名，应当受其约束。在公司内部有关股东在资格的争议中，应当以公司章程、股东名册的记载以及股东的出资情况等实质性证据作为认定的基础。农药公司鉴于其企业的实际情况，在其公司章程中作出特别约定，即当股东间公司高级管理人员离职后应转让其全部出资，因此虽然工商登记中李某仍为农药公司的股东，但法院可以认定李某实际上已经丧失了原告的股东资格。

同时，协助农药公司办理股权转让后的工商变更登记手续，是李某丧失股东资格之后的附随义务，理应由其按照诚实信用原则加以协助。因此，农药公司为此所提起的诉讼请求符合法律的规定，法院应当予以支持。

【律师分析】

易法通专业律师认为，本案凸显了“公司章程”对于公司运作的重要意义。公司章程是公司活动的依据和公司中每一个人的活动准则。根据《公司法》第11条规定：“设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。”因此，合法制定的公司章程必须严格执行，股东在公司章程上签名、盖章后应受到章程的约束。

同时，根据同法第25条第8款规定，有限责任公司章程应当载明股东会会议认为需要规定的其他事项。实践中，其他事项应当包括：股东间关于利润分配的约定；公司组织机构的成立方式；股东会、董事会、监事会对于重大事项的议事程序和表决程序；高级管理人员的任免权限和程序；股权转让的方式和程序；公司解散的事由和清算方法；股东的权利和职责以及违反章程规定的责任承担方式等。一旦遇到问题和纠纷，公司章程将是不可替代的执行依据。

因此，就本案而言，农药公司已就高级管理人员的退股事宜在章程中进行了特殊的约定，且该章程也获得了股东李某的认可并签字。此时，在不违反法律强制性规定的情形下，依照公司章程中的特殊规定所作出的股东会决议应当得到充分的尊重和执行。同时李某又实际接受了免职和退款，因此其也不再是农药公司股东，丧失股东资格。可见农药公司的章程在制定时就对公司的高管任免及股东退出制度进行了严格规定，在纠纷中起到了预设的作用。

本案的另一个问题是关于公司股权变更登记事项。在实践中，公司变更股东登记事项，应当向工商登记管理机关计较相关文件材料，因此需要李某协助农药公司完成相关手续。法院判决李某协助农药公司办理股权转让后的工商变更手续，是李某丧失股东资格后的附随义务，理应由其按照诚实信用原则加以协助。为避免此类事件的发生，建议在签订股权转让协议的时候，将股权转让款进按阶段行分期付款，约定在一方办理变更登记后付清余款，以防纠纷。

综上，建议您在作出相关的决策前，先行咨询易法通专业律师，以了解相关法律政策及可能存在的法律风险，并谨慎决策，以防产生纠纷或权益受损。

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